莎车县名因古代莎车方国而得名，依照考古挖掘，中原与西域在夏商周时期，就存在密切的文化往来，比如马家窑文化类型成为塔里木盆地的普遍现象。按文献记载，莎车远在商汤时期就已开始与中原保持联系，曾进献白玉、野马等物。《逸周书·商书·伊尹朝献》：“正北空同、大夏、莎车、姑他、旦略、豹胡、代翟，匈奴、楼烦、月氏、韯犁、其龙、东胡，请令以橐驼、白玉、野马、騊駼、駃騠、良弓为献，汤曰：‘善！’”

        汉代时，莎车是西域三十六国之一。汉武帝时张骞出使西域，曾途经莎车等“羌”中地。元康元年（前65年），宣帝刘询应莎车国使节之求，遣使者奚充国送解忧公主（嫁乌孙王）之子万年出任莎车王，莎车由此归属汉朝。神爵二年（前60年），汉朝在乌垒设西域都护府，次年开府施政，莎车受其统辖。东汉建武五年（29年），汉遣河西大将军窦融承制封莎车王康为建功怀德王、西域大都尉；后来光武帝刘秀还曾任命莎车王贤为西域都护。永平十六年（73年）假司马班超与从事郭恂使西域，其时于阗王广德，又攻杀不居徵，立其弟齐黎为莎车王，于是班超发于阗等国兵降服莎车。永元三年（91年），汉复立西域都护，莎车受都护班超节制。

       三国时，魏黄初二年（221年），设西域戊已校尉，莎车归魏。西晋泰始元年（265年），晋代魏立，仍置西域戊已校尉，莎车归晋。公元336年（东晋咸康二年），西域尽入前凉版图，莎车亦然。393年（东晋太元十八年），莎车归后凉，受西域大都护管辖。南朝永初三年（422年），鄯善王比龙入朝，西域三十六国皆向刘宋称臣贡献。北魏太延元年（435年），西域诸国相继朝贡于北魏，今莎车一带的统治者也多次遣使献于北魏。460年（北魏和平元年），莎车属柔然的势力范围。492年（北魏太和十六年），莎车属高车的势力范围。497年（北魏太和二十一年），嚈哒（白匈奴）占据天山南路，莎车受嚈哒统治；562年（北周保定二年），突厥与波斯联合击败嚈哒，突厥势力进入莎车。南北朝至隋唐时期，今莎车一带被汉文史籍称为“渠沙”、“沮渠”、“悉居半”、“朱居盘”、“朱居波”、“朱驹波”、“朱驹半”、“朱俱波”、“朱俱婆”、“遮拘迦”、“斫巨迦”等。

        隋仁寿三年（603年），突厥汗国正式分裂为东西两个汗国，今县境受西突厥统辖。唐代，贞观四年（630年）伊吾胡人七姓部落“举其地七城来降（唐）”，龟兹、焉耆、于阗、疏勒先后遣使朝贡表示臣服。唐先后在伊吾、高昌及天山北部设立伊、西、庭三州和安西都护府，在西域广大地区建立中央政府的地方派出机构，莎车归属唐王朝。贞观二十二年（648 年）又以阿史那社尔，契苾何力为昆山道行军正副大总管，与安西都护郭孝恪等破西突厥处月、处密部，平龟兹，移安西都护府于龟兹，统龟兹、于阗、碎叶、疏勒四镇，莎车在于阗、疏勒间，由安西都护府统辖。咸亨四年（673年），长史萧嗣业统东突厥部西征，重新控制葱岭以东，今莎车一带又归唐朝管理。唐天宝十四载（755年），“安史之乱”后，唐在西域的驻军被调往内地，吐蕃乘机夺取河陇之地，莎车一带为吐蕃辖地。

        五代至北宋时，今莎车境时属于阗李氏王朝，时属喀喇汗王朝。只是于阗李氏王朝自称唐之宗裔，长期与中央政府及敦煌曹氏交好；喀喇汗朝诸王则以外甥自居，自称桃花石汗（意为中国汗），文化向心力绵绵发热。1128年（南宋建炎二年），今莎车一带属西辽，西辽是继唐宋以后，在葱岭东西两面推广华夏文明最为深入王朝。

        1218年（南宋嘉定十一年），莎车属蒙古汗国。后来成吉思汗将其领地分封诸子，莎车在察合台汗封地之内。元至元十一年（1274年），元世祖忽必烈下诏安抚鸭儿看。元代至治元年（1321年）到明代中期，莎车属东察合台汗国。1514年（明正德九年），莎车古城为萨亦德建立的叶尔羌汗国首府，莎车城成为叶尔羌汗国的政治、经济、文化中心。

        1680年（清康熙十九年），叶尔羌归属准噶尔汗国。乾隆二十四年（1759年），清政府平定大小和卓之乱后，定边将军和参赞大臣驻扎叶尔羌城处理新疆军政大事。乾隆二十六年（1761年），设叶尔羌办事大臣。光绪九年（1883年）置莎车直隶州时，使用莎车古名，为莎车县名沿用之始，当时州治莎车，辖叶城。光绪二十八年（1902年），莎车直隶州升为府，辖蒲犁分防厅、巴楚州、叶城县、皮山县，隶属喀什噶尔道。宋元明清时期，今莎车一带被汉文史籍称为“叶尔羌”、“叶尔坎”、“叶尔钦”、“鸭儿看”、“鸦儿看”、“雅儿看”、“雅尔堪”、“牙儿干”、“押尔罕”、“押尔牵”、“押儿牵”、“也里虔”、“雅鲁坎提”等。

        民国初年仍沿袭清末旧制，民国元年（1912年）莎车本府改为莎车县，民国二年（1913年）撤府设县，设立莎车县，仍由喀什噶尔道辖。民国十七年（1928年），莎车划为莎车、叶尔羌两县，民国三十一年（1942年）复并，同年增设莎车第十督察专区，辖莎车、泽普、叶城、麦盖提等4县。1949年后为莎车专区驻地，仍辖4县，1956年撤莎车专区，归喀什专区，1978年后属喀什地区。

        莎车地处叶尔羌河畔，西邻帕米尔高原﹐南傍喀喇昆仑山，水草充足﹐宜牧宜农。它是古丝绸之路南道上的要冲重镇，是古代东西方陆路交通枢纽，有着源远流长的历史文脉。文物，对于一个地方来说，不仅是往昔历史的珍贵遗存，更重要的是一个绵延几千年文明的有力见证。几千年来，莎车加深了西域与中原人民的感情；现在与未来，在广阔的世界中构筑起了一座政治、文化、经济的桥梁，让莎车人文景观、民俗风情和自然风光被更多人广泛认识。